From d75378911cef79b3ed95daef71bf67db413d2ac8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johannes Ranke Date: Wed, 17 Nov 2021 12:59:49 +0100 Subject: Update required saemix version, update tests --- ...t-for-saem-object-with-mkin-transformations.svg | 2306 ++++++++++---------- ...for-saem-object-with-saemix-transformations.svg | 572 ++--- tests/testthat/print_sfo_saem_1.txt | 8 +- tests/testthat/setup_script.R | 2 +- tests/testthat/summary_saem_biphasic_s.txt | 38 +- 5 files changed, 1463 insertions(+), 1463 deletions(-) (limited to 'tests') diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-mkin-transformations.svg b/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-mkin-transformations.svg index d3ca239b..6346a383 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-mkin-transformations.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-mkin-transformations.svg @@ -96,7 +96,7 @@ - + @@ -157,7 +157,7 @@ - + @@ -176,7 +176,7 @@ - + @@ -213,7 +213,7 @@ - + @@ -250,7 +250,7 @@ - + @@ -269,7 +269,7 @@ - + @@ -288,7 +288,7 @@ - + @@ -343,7 +343,7 @@ - + @@ -416,7 +416,7 @@ - + @@ -471,7 +471,7 @@ - + @@ -526,7 +526,7 @@ - + @@ -563,7 +563,7 @@ - + @@ -618,7 +618,7 @@ - + @@ -673,7 +673,7 @@ - + @@ -710,7 +710,7 @@ - + @@ -729,7 +729,7 @@ - + @@ -739,30 +739,30 @@ - + - - - - - + + + + + 0 -20 -40 -60 -80 -100 - - - +20 +40 +60 +80 +100 + + + - - --4 --2 + + +-4 +-2 0 -2 -4 +2 +4 @@ -776,582 +776,582 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1359,7 +1359,7 @@ - + @@ -1416,7 +1416,7 @@ - + @@ -1431,7 +1431,7 @@ - + @@ -1464,7 +1464,7 @@ - + @@ -1497,7 +1497,7 @@ - + @@ -1514,7 +1514,7 @@ - + @@ -1530,7 +1530,7 @@ - + @@ -1579,7 +1579,7 @@ - + @@ -1644,7 +1644,7 @@ - + @@ -1693,7 +1693,7 @@ - + @@ -1742,7 +1742,7 @@ - + @@ -1775,7 +1775,7 @@ - + @@ -1824,7 +1824,7 @@ - + @@ -1873,7 +1873,7 @@ - + @@ -1906,7 +1906,7 @@ - + @@ -1923,7 +1923,7 @@ - + @@ -1933,28 +1933,28 @@ - + - - - - + + + + 0 -10 -20 -30 -40 - - - +10 +20 +30 +40 + + + - - --4 --2 + + +-4 +-2 0 -2 -4 +2 +4 @@ -1968,515 +1968,515 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-saemix-transformations.svg b/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-saemix-transformations.svg index 072154ee..13590b9b 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-saemix-transformations.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot/mixed-model-fit-for-saem-object-with-saemix-transformations.svg @@ -51,7 +51,7 @@ - + @@ -108,7 +108,7 @@ - + @@ -127,7 +127,7 @@ - + @@ -160,7 +160,7 @@ - + @@ -201,7 +201,7 @@ - + @@ -218,7 +218,7 @@ - + @@ -228,30 +228,30 @@ - + - + - - + + 0 -20 +20 40 60 -80 -100 - - - +80 +100 + + + - - --4 --2 + + +-4 +-2 0 -2 -4 +2 +4 @@ -265,132 +265,132 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -398,7 +398,7 @@ - + @@ -453,7 +453,7 @@ - + @@ -470,7 +470,7 @@ - + @@ -499,7 +499,7 @@ - + @@ -536,7 +536,7 @@ - + @@ -551,7 +551,7 @@ - + @@ -561,30 +561,30 @@ - + - - - - - + + + + + 0 -5 -10 -15 -20 -25 - - - +5 +10 +15 +20 +25 + + + - - --4 --2 + + +-4 +-2 0 -2 -4 +2 +4 @@ -598,118 +598,118 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tests/testthat/print_sfo_saem_1.txt b/tests/testthat/print_sfo_saem_1.txt index 0c0e32ce..3fc9ca3b 100644 --- a/tests/testthat/print_sfo_saem_1.txt +++ b/tests/testthat/print_sfo_saem_1.txt @@ -7,15 +7,15 @@ Data: Likelihood computed by importance sampling AIC BIC logLik - 1310 1315 -649 + 1311 1315 -649 Fitted parameters: estimate lower upper -parent_0 1e+02 98.87 1e+02 +parent_0 1e+02 98.96 1e+02 k_parent 4e-02 0.03 4e-02 -Var.parent_0 1e+00 -1.72 5e+00 +Var.parent_0 8e-01 -1.94 3e+00 Var.k_parent 1e-01 0.03 2e-01 a.1 9e-01 0.75 1e+00 b.1 5e-02 0.04 5e-02 -SD.parent_0 1e+00 -0.12 3e+00 +SD.parent_0 9e-01 -0.67 2e+00 SD.k_parent 3e-01 0.20 4e-01 diff --git a/tests/testthat/setup_script.R b/tests/testthat/setup_script.R index 96e865d4..cb3713aa 100644 --- a/tests/testthat/setup_script.R +++ b/tests/testthat/setup_script.R @@ -185,7 +185,7 @@ ds_biphasic <- lapply(ds_biphasic_mean, function(ds) { # Mixed model fits saemix_available <- FALSE if (requireNamespace("saemix", quietly = TRUE)) { - if(packageVersion("saemix") >= "3.1.9000") saemix_available <- TRUE + if(packageVersion("saemix") >= "3.0") saemix_available <- TRUE } mmkin_sfo_1 <- mmkin("SFO", ds_sfo, quiet = TRUE, error_model = "tc", cores = n_cores) mmkin_dfop_1 <- mmkin("DFOP", ds_dfop, quiet = TRUE, cores = n_cores) diff --git a/tests/testthat/summary_saem_biphasic_s.txt b/tests/testthat/summary_saem_biphasic_s.txt index 8dfae367..bab4bf98 100644 --- a/tests/testthat/summary_saem_biphasic_s.txt +++ b/tests/testthat/summary_saem_biphasic_s.txt @@ -34,33 +34,33 @@ Results: Likelihood computed by importance sampling AIC BIC logLik - 2702 2711 -1338 + 2679 2689 -1327 Optimised parameters: est. lower upper parent_0 1.0e+02 1.0e+02 1.0e+02 -k_m1 4.7e-03 3.9e-03 5.6e-03 +k_m1 4.8e-03 4.1e-03 5.5e-03 f_parent_to_m1 4.8e-01 4.3e-01 5.2e-01 -k1 4.8e-02 3.1e-02 6.5e-02 -k2 1.3e-02 8.7e-03 1.7e-02 -g 5.0e-01 4.1e-01 5.8e-01 +k1 5.9e-02 4.6e-02 7.2e-02 +k2 1.1e-02 9.0e-03 1.3e-02 +g 4.9e-01 4.3e-01 5.4e-01 Correlation: prnt_0 k_m1 f_p__1 k1 k2 -k_m1 -0.152 -f_parent_to_m1 -0.143 0.366 -k1 0.097 -0.014 -0.021 -k2 0.022 0.083 0.023 0.101 -g -0.084 -0.144 -0.044 -0.303 -0.364 +k_m1 -0.168 +f_parent_to_m1 -0.141 0.379 +k1 0.139 -0.004 -0.024 +k2 0.055 0.154 0.033 0.246 +g -0.078 -0.206 -0.058 -0.435 -0.601 Random effects: - est. lower upper -SD.parent_0 1.22 0.316 2.12 -SD.k_m1 0.15 -0.079 0.38 -SD.f_parent_to_m1 0.32 0.191 0.44 -SD.k1 0.66 0.416 0.90 -SD.k2 0.59 0.368 0.80 -SD.g 0.16 -0.373 0.70 + est. lower upper +SD.parent_0 1.1986 0.28 2.12 +SD.k_m1 0.0034 -6.85 6.86 +SD.f_parent_to_m1 0.3369 0.21 0.46 +SD.k1 0.3790 0.24 0.52 +SD.k2 0.2666 0.16 0.37 +SD.g 0.0401 -0.67 0.75 Variance model: est. lower upper @@ -73,5 +73,5 @@ parent_sink 0.52 Estimated disappearance times: DT50 DT90 DT50back DT50_k1 DT50_k2 -parent 26 127 38 14 54 -m1 146 485 NA NA NA +parent 25 150 45 12 64 +m1 145 483 NA NA NA -- cgit v1.2.1